Proiect ONCOGIN

INFORMATII GENERALE

Titlu proiect complex: „Consortiu multidisciplinar pentru sustinerea competentelor de cercetare in diagnosticarea, tratarea si identificarea de factori predictivi ai afectiunilor maligne ginecologice”

Acronimul proiectului: ONCOGIN

Coordonator proiect: Dr. Suciu Nicolae

Competiția: „Proiecte Complexe realizate în consortii CDI” (PCCI), PN III, Programul 1, Subprogramul 1.2.

Autoritatea contractanta: Unitatea Executiva pentru Finantarea Invatamantului Superior, a Cercetarii, Dezvoltarii si Inovarii (UEFISCDI)

Cod Proiect: PN-III-P1-1.2-PCCDI2017-0833

Numar contract: 68PCCDI/2018

Coordonator: Institutul National pentru Sanatatea Mamei si Copilului Alessandrescu-Rusescu” (INSMC)

Durata proiectului: 05.04.2018-30.09.2020

PARTENERI

Institutii partenere in proiect:

Instituția coordonatoare: Institutul National pentru Sanatatea Mamei si Copilului Alessandrescu-Rusescu” (INSMC)

Director Proiect: Prof. Dr. Nicolae Suciu

P1 – Institutul Clinic Fundeni

P2 – Institutul Oncologic Prof.Dr.Alexandru Trestioreanu Bucuresti

P3 – Universitatea de Medicina si Farmacie “Carol Davila”, Bucuresti

P4 – Institutul National de Cercetare – Dezvoltare pentru Fizica si Inginerie Nucleara “Horia Hulubei” – IFIN-HH

OBIECTIVE

Scop: INSMC, avand rolul de coordonator al proiectului, impreuna cu cei 4 parteneri, au ca obiectiv descoperirea si introducerea de metode noi de diagnostic, tratament si prognostic in domeniul oncoginecologiei prin identificarea unor biomarkeri revolutionari.

Obiectivul principal al proiectului consta in depistarea unor noi cai de comunicare prin identificarea unor noi markeri de angiogeneza si a unor noi tinte de tratament imunologic cu scopul de a reduce/inhiba progresia tumorala.

Cele doua subproiecte au in comun activitati de cercetare, dezvoltare de modele si metode inovative, formare de resursa umana prin utilizarea în comun a infrastructurilor existente. Dezvoltarea unei terapii personalizate care sa abordeze noi tinte terapeutice ce vor fi identificate în cancerul de ovar folosind tehnici noi cum ar fi NGS (Next Generation Sequencing) pentru determinarea BRCA 1 si BRCA 2, microarray pentru miRNA si aplicarea unor instrumente bioanalitice avansate. Bazandu-se pe analize de imunohistochimie, imagistica speciala si genomica se urmaresc urmatoarele:

  1. formarea unor loturi de paciente;
  2. elaborarea unui algoritm de lucru care sa identifice pacientele care vor dezvolta chimiorezistenta;
  3. identificarea unui test de back-up utilizând analize multigenice coroborate cu metode imagistice.

Activitati specifice

Optimizarea fluxului de lucru si a metodelor de extractie ARN din probele de parafina, tesut proaspat inghetat, sange, in vederea realizarii experimentelor de biologie moleculară prevazute în proiect.

Criterii de selectie pentru pacienti cu carcinomatoza peritoneala in afectiuni maligne ginecologice.

Elaborare de modele conceptuale privind optimizarea metodelor de cultura a celulelor tumorale din peritoneu/ ascita.

Consolidarea consortiului si stabilirea activitatilor sinergice si complementare in studiul HIPEC in carcinomatoza peritoneala.

Selectarea si includerea in lot a pacientelor. - paciente cu carcinomatoză peritoneala candidate la citoreductie si HIPEC. - paciente cu recurenta dupa tratamentul chirurgical si cel chimioterapic initial.

Obtinerea de biospecimene (tesut tumoral, peritoneu si biopsie lichida/ ascita+ sange) de la paciente la care s-a realizat citoreductie si HIPEC. Caracterizarea anatomo-histologica a probelor tumorale/ peritumorale".

Extractie de acizi nucleici (ARN/ ADN) din probele tisulare/ ascita/ ser obtinute

Prepararea si testarea preliminara a unor radiotrasori pentru imagistica de receptori prin PET in cancere de ovar si san.

Identificare de predictori moleculari ai raspunsului HYPERTHERMIC Intraperitoneal Chemotherapy (HIPEC) si studiul mecanismelor implicate in rezistenta la tratament in cancerul de ovar

  • Selectarea și includerea în lot a pacientelor. - paciente cu carcinomatoză peritoneală candidate la citoreductie si HIPEC. - paciente cu recurenta după tratamentul chirurgical si cel chimioterapic initial.
  • Evaluarea mutatiei BRCA1/ 2 la pacientele selectate prin tehnici de secvențiere țintită.
  • Obtinerea de biospecimene (tesut tumoral, peritoneu si biopsie lichida/ ascita+ sange) de la paciente la care s-a realizat citoreductie si HIPEC. Caracterizarea anatomo-histologica a probelor tumorale/peritumorale.
  • Extractie de acizi nucleici (ARN/ ADN) din probele tisulare/ ascita/ ser obtinute.
  • Generarea miRNA de interes prin analiza microarray a probelor obtinute inainte si dupa efectuarea HIPEC.
  • Selectarea, prin analiza bioinformatica a genelor de interes (mRNA)-tinte modelate de miRNA de interes. Evidentierea cailor de semnalizare specifice raspunsului la HIPEC.
  • Validare qRT-PCR a unui panel de miRNA obtinut dupa analiza bioinformatica.
  • Determinarea in vitro a expresiei de receptori HER2 in cancere de ovar cu radiotrasori pe culturi de celule standardizate si prelevate.
  • Corelarea expresiei miRNA cu Peritoneal Carcinomatosis Index; residual disease (R) score
  • Identificarea unor ținte terapeutice folosite în evaluarea răspunsului in vitro
  • Introducerea pacientelor în studiu - Înregistrarea datelor fiecărui pacient într-o baza de date - includerea pacienţilor în banca de tumori (la momentul diagnosticului şi la momentul intervenţiei chirurgicale post tratament neoadjuvant)
  • Realizarea platformei informatice pentru colectarea datelor medicale şi raportare; Analiza cerinţelor pentru platforma informatică pentru colectarea datelor medicale şi raportare - Definirea structurii datelor care vor fi înregistrate în platforma informatică - Elaborarea modelului experimental pentru platforma informatică pentru colectarea datelor medicale şi raportare - Validarea funcţionalităţilor platformei informatice - Popularea platformei informatice cu informaţiile medicale - Analize statistice şi de previziune ale datelor
  • Prelevare sânge înainte şi după chimioterapie (inclusiv la momentul apariţiei recurenţei în timpul urmăririi postoperatorii); prelevare ţesut tumoral la momentul intervenţiei chirurgicale
  • Analiza pe un lot de paciente a unui panel de markeri serici selectat pe baza datelor din literatură CA 15.3, CEA, CA27.29
  • Analiza pe un lot de paciente a unui panel de markeri tisulari selectat pe baza datelor din literatură AR, ER, PR, HER2, ki67, CD40, şi a unor markeri de diagnostic diferenţial, S100, SMA, SMMHC, calponin, CK5, CK14, CK17, CD10 și p63, E-cadherin, CK8, precum şi a unor markeri de metastazare, GCDFP15, mamaglobin, CEA
  • Caracterizarea tumorilor pacientelor în funcţie de răspunsul la tratament şi corelarea răspunsului terapeutic cu markerii definiti anterior şi cu markerii tisulari de neoangiogeneza: Angiogenin, Ang2, keratinocyte growth factor (KGF), fibroblast growth factor basic, intercellular adhesion molecule (ICAM)-1, platelet-derived growth factor-BB şi VEGF (vascular endothelial growth factor)
  • Analiza pe acelaşi lot de paciente a unor markeri imunologici: inhibitori ai punctelor de control ale ciclului celular (CTLA4, PDL1), CD 68 , CD163 (macrofage), CD8, CXCL12
  • Izolarea de ADN genomic precum şi analiza integrităţii cu ajutorul sistemului Agilent TapeStation 2200
  • Analiza mutaţiilor somatice (BRCA1 şi BRCA2) la pacientele cu cancer de sân folosind tehnologia NGS (Illumina, Ion Torrent)
  • Prelucrarea datelor rezultate prin evaluarea lotului de pacienţi; analiza descriptivă a rezultatelor obţinute şi interpretarea statistică a rezultatelor de biologie moleculară şi a celor clinice. Analiza bioinformatică a datelor NGS
  • Imagistică: ecografie cu contrast şi IRM cu contrast
  • Corelarea datelor de imagistică cu datele de biologie moleculară în vederea obţinerii unui tratament personalizat